生殖器疱疹是由單純疱疹I型或II型病毒引起，大多生殖器疱疹都是由II型引起，I型通常會在口腔或脣上發病，但也可以導致生殖器上產生疱疹。

疱疹是黏膜或皮膚傷口與患者生殖器上的疱疹接觸而傳染得來的，潛伏期平均約二至五天。患者的陰莖、尿道、陰唇或子宮頸等部位會先感到痕癢，然後一兩天會出現細小的水泡。有時侯可能會有發燒、肌肉痛、小便頻密灼痛、淋巴腺腫脹等徵狀。曾有肛交者，水泡會出現在肛門及附近位置。幾天後，這些水泡會變成膿泡，膿泡破裂後成為小潰瘍，流出透明液體，令患者非常疼痛。有些受感染的人，在一生中從未發病，亦有些人不斷復發而需長期服藥壓制病毒。

即使沒有醫治，潰瘍會在一兩星期內痊癒，所有病徵會消失，但大部份患者都無法完全清除體內的病毒，它會永遠隱伏在神經系統內，當身體抵抗力較差時間中復發，只是病況通會較為輕微。

曾患生殖器疱疹的孕婦，應在產前檢查時告知醫護人員，即使在疱疹接近產期時發病，亦可利用剖腹生產，避免嬰兒出生時在產道受到感染。