生殖器疱疹是由单纯疱疹I型或II型病毒引起，大多生殖器疱疹都是由二型引起，但1型通常会在口腔或唇上发病，但也可以导致生殖器上产生疱疹。

疱疹是黏膜或皮肤伤口与患者生殖器上的疱疹接触而传染得来的，潜伏期平均约二至五天。患者的阴茎、尿道、阴唇或子宫颈等部位会先感到痕痒，然后一两天会出现细小的水泡。有时侯可能会有发烧、肌肉痛、小便频密灼痛、淋巴腺肿胀等征状。曾有肛交者，水泡会出现在肛门及附近位置。几天后，这些水泡会变成脓泡，脓泡破裂后成为小溃疡，流出透明液体，令患者非常疼痛。

即使没有医治，溃疡会在一两星期内痊愈，所有病征会消失，但大部份患者都无法完全清除体内的病毒，它会永远隐伏在神经系统内，当身体抵抗力较差时间中复发，只是病况通会较为轻微。

曾患生殖器疱疹的孕妇，应在产前检查时告知医护人员，即使在疱疹接近产期时发病，亦可利用剖腹生产，避免婴儿出生时在产道受到感染。

虽然现时医学界还未能完全根治生殖器疱疹，但有药物可减轻及缩短病情和减少病发的次数，所以任何人士怀疑染上生殖器疱疹，都应及早检查诊治。