治療

治療傳染性軟疣的方式是根據病變的位置和數量而定，一般輕微的狀況，治療往往是不必要的，而且亦沒有單一令人信服的方法證明是絕對有效的。要留意的是，治療或會引致感染皮膚上面或附近的組織進一步感染，這和抓傷感染組織所帶來的影響大致相同。然而，接受治療可能由於以下原因：

醫療因素：

• 出血
• 繼發性感染
• 痕癢及其所帶來的不適
• 潛在留下疤痕的風險
• 慢性結膜炎

社交因素：

• 美容
• 尷尬
• 恐懼令他人受感染
• 被他人排斥 

許多醫療專家建議治療位於生殖部位的受感染組織，以防止它們傳播。該病毒只生存於皮膚之中，當受感染組織停止繁殖，該病毒亦隨即消失，因此不會再使他人受到感染。當所有受感染組織都得以清除，感染的情況便已得到有效的治癒。除非患者重複感染，否則軟疣組織便不會再次出現。在實際的情況中，能夠檢測所有傳染性軟疣的感染組織並不容易。即使它們好像已經全部消失，總是有一些有可能被遺漏的。如果是這樣的話，儘管在肉眼上看不出任何感染的情況，這病毒仍可能透過「自身接種」的過程而令患者再受感染。

冷凍治療
冷凍治療包括使用加壓液體噴霧「凍結」感染細胞以將其殺死，液態氮或一氧化二氮是最常用的液體。此項醫療程序可能引致輕度不適至疼痛，不適的程度是根據液體噴霧所需要使用的分量和受感染的位置而定。此程序可以由任何專業醫護人員執行。應用液態氮於受感染的部位可能會導致患者產生燃燒或刺痛的感覺，這感覺在醫療程序完成後仍可能持續數分鐘。留下疤痕或皮膚失去色彩可以令治療變得複雜。液態氮也可令治療的部位形成水泡，一般會在兩至四星期便會脫落。冷凍治療和刮匙手術不是無痛的醫療程序，而且亦可能留下疤痕和/或永久地使治療的皮膚部位脫色。

非處方藥物
對於輕度的感染個案，非處方的贅疣藥物如水楊酸，可能會有助於縮短感染時間。每日局部應用維甲酸霜「Retin-A 0.025%」也可能會引發病毒分解。這些治療一般需要幾個月的時間才可令感染消除，而這些治療往往伴隨著嚴重的發炎反應和不適。

免疫調節劑（樂德美）
雖然使用免疫調節劑最合適的劑量還有待確定，但醫生仍偶然會處方這藥物。免疫調節劑是免疫療法的其中一種。免疫療法能激起免疫系統來對抗引起皮膚增生的病毒。在一般情況下，免疫調節劑是一星期使用三次，每次使用後藥物要停留在皮膚6至10小時，之後便要把它洗掉。治癒時間由4至16星期不等。一些小規模的研究指出，這樣的劑量成功治癒率可達80％。還有另一種劑量方案：每日三次，每星期都連續5天使用。免疫調節劑尚未被美國食品藥物管理局(FDA)批準作為治療傳染性軟疣的處方藥物。這種治療方案只會應用1％免疫調節劑藥膏。若以相同的劑量，但藥膏的濃度高於1％的話，便會有可能引致化學燒傷或潛在的神經損傷。

激光
脈衝染料激光治療對正尋求治療方案，和身上有多處組織感染傳染性軟疣的病人來說，可能是一個更佳的治療方案。有記錄顯示使用脈衝染料激光治療傳染性軟疣有非常好的效果。該療法有良好的耐受性，不會留下疤痕或皮膚色素異常的情況。受感染的組織會在兩星期治癒，而且不會留下任何痕跡。研究顯示96％-99％的病變組織只需要一個治療程序便能治癒。使用脈衝染料激光能夠快速並有效地使問題解決，然而其高昂的費用使它比其他方案的成本效益為低。再者，並非所有診所都有這種激光設備。 

預測 
所有軟疣組織都會在兩年之內自然地清除（一般在9個月之內）。只要病變組織仍然生長，就會有感染他人的可能性。當增長停止，病毒便不能傳播。

傳染性軟疣和皰疹不同。皰疹再次出現在受感染者身上之前，能以靜止狀態留在這人身上好幾年。傳染性軟疣不會留在受感染者的體內，它們只會在皮膚上面生長，而且不會自己再次出現。可惜，現時還沒有能永久對抗這病毒的抗體，所以當皮膚曝露於受感的人前便有可能再次被感染。 

治療的好處是能加快病毒的分解過程。這限制了「痘」疤的大小。如果不及時治療，傳染性軟疣可增長至如豌豆或波子般的大小。雖然病毒是會自然分解，但亦會因它的增長而留下更大的陷口。由於有眾多的治療方案可供選擇，若然不想在治療傳染性軟疣時在皮膚上留下任何痕跡，最佳的治療時機就是當感染組織範圍還是很小的時候。