治疗

治疗传染性软疣的方式是根据病变的位置和数量而定，一般轻微的状况，治疗往往是不必要的，而且亦没有单一令人信服的方法证明是绝对有效的。要留意的是，治疗或会引致感染皮肤上面或附近的组织进一步感染，这和抓伤感染组织所带来的影响大致相同。然而，接受治疗可能由于以下原因：

医疗因素：

• 出血
• 继发性感染
• 痕痒及其所带来的不适
• 潜在留下疤痕的风险
• 慢性结膜炎

社交因素：

• 美容
• 尴尬
• 恐惧令他人受感染
• 被他人排斥

许多医疗专家建议治疗位于生殖部位的受感染组织，以防止它们传播。该病毒只生存于皮肤之中，当受感染组织停止繁殖，该病毒亦随即消失，因此不会再使他人受到感染。当所有受感染组织都得以清除，感染的情况便已得到有效的治愈。除非患者重复感染，否则软疣组织便不会再次出现。在实际的情况中，能够检测所有传染性软疣的感染组织并不容易。即使它们好像已经全部消失，总是有一些有可能被遗漏的。如果是这样的话，尽管在肉眼上看不出任何感染的情况，这病毒仍可能透过「自身接种」的过程而令患者再受感染。

冷冻治疗
冷冻治疗包括使用加压液体喷雾「冻结」感染细胞以将其杀死，液态氮或一氧化二氮是最常用的液体。此项医疗程序可能引致轻度不适至疼痛，不适的程度是根据液体喷雾所需要使用的分量和受感染的位置而定。此程序可以由任何专业医护人员执行。应用液态氮于受感染的部位可能会导致患者产生燃烧或刺痛的感觉，这感觉在医疗程序完成后仍可能持续数分钟。留下疤痕或皮肤失去色彩可以令治疗变得复杂。液态氮也可令治疗的部位形成水泡，一般会在两至四星期便会脱落。冷冻治疗和刮匙手术不是无痛的医疗程序，而且亦可能留下疤痕和/或永久地使治疗的皮肤部位脱色。

非处方药物
对于轻度的感染个案，非处方的赘疣药物如水杨酸，可能会有助于缩短感染时间。每日局部应用维甲酸霜「Retin-A 0.025%」也可能会引发病毒分解。这些治疗一般需要几个月的时间才可令感染消除，而这些治疗往往伴随着严重的发炎反应和不适。

免疫调节剂（乐德美）
虽然使用免疫调节剂最合适的剂量还有待确定，但医生仍偶然会处方这药物。免疫调节剂是免疫疗法的其中一种。免疫疗法能激起免疫系统来对抗引起皮肤增生的病毒。在一般情况下，免疫调节剂是一星期使用三次，每次使用后药物要停留在皮肤6至10小时，之后便要把它洗掉。治愈时间由4至16星期不等。一些小规模的研究指出，这样的剂量成功治愈率可达80％。还有另一种剂量方案：每日三次，每星期都连续5天使用。免疫调节剂尚未被美国食品药物管理局(FDA)批准作为治疗传染性软疣的处方药物。这种治疗方案只会应用1％免疫调节剂药膏。若以相同的剂量，但药膏的浓度高于1％的话，便会有可能引致化学烧伤或潜在的神经损伤。

激光
脉冲染料激光治疗对正寻求治疗方案，和身上有多处组织感染传染性软疣的病人来说，可能是一个更佳的治疗方案。有记录显示使用脉冲染料激光治疗传染性软疣有非常好的效果。该疗法有良好的耐受性，不会留下疤痕或皮肤色素异常的情况。受感染的组织会在两星期治愈，而且不会留下任何痕迹。研究显示96％-99％的病变组织只需要一个治疗程序便能治愈。使用脉冲染料激光能够快速并有效地使问题解决，然而其高昂的费用使它比其他方案的成本效益为低。再者，并非所有诊所都有这种激光设备。

预测 
所有软疣组织都会在两年之内自然地清除（一般在9个月之内）。只要病变组织仍然生长，就会有感染他人的可能性。当增长停止，病毒便不能传播。

传染性软疣和疱疹不同。疱疹再次出现在受感染者身上之前，能以静止状态留在这人身上好几年。传染性软疣不会留在受感染者的体内，它们只会在皮肤上面生长，而且不会自己再次出现。可惜，现时还没有能永久对抗这病毒的抗体，所以当皮肤曝露于受感的人前便有可能再次被感染。

治疗的好处是能加快病毒的分解过程。这限制了「痘」疤的大小。如果不及时治疗，传染性软疣可增长至如豌豆或波子般的大小。虽然病毒是会自然分解，但亦会因它的增长而留下更大的陷口。由于有众多的治疗方案可供选择，若然不想在治疗传染性软疣时在皮肤上留下任何痕迹，最佳的治疗时机就是当感染组织范围还是很小的时候。